工程設計二所長期從事糧食倉儲、糧食深加工及民用建筑工程咨詢、設計，在糧食倉儲類工程設計方面力量最強，在全國各個時期的糧倉建設中起關鍵的作用。
1.糧庫建設方面
國家機械化骨干糧庫建設18個庫點，我院承擔了廣東、河南、上海等地10個庫點的設計。世界銀行貸款改善中國糧食流通建設中，我院承擔了東北走廊遼寧世行、大連北良和長江走廊南通港、張家港等11個項目的設計工作。
在1998年500億斤、2000年200億斤和2001年200億斤中央直屬儲備糧庫建設中，國家共建設1110個國儲庫（倉容1047.76億斤、投資377億元），我院承擔了177個庫點的總體設計工作，是設計庫點數最多的設計單位，同時為366個庫點提供了標準圖及配套服務,使用標準圖倉容達283.88億斤。
2.糧食加工方面
我院設計的面粉加工項目：鵬泰面粉有限公司、鄭州面粉廠、洛陽面粉廠、西安面粉廠、海南省海發洋浦面粉廠、上海面粉廠等36項。
設計的大米加工項目：湖南常德米廠、遼寧遼化國儲庫米廠、安徽六安精米廠、索馬里費諾力碾米廠等。
設計的油脂加工項目：鄭州陽光油廠、北京南苑油廠、內蒙扎蘭屯油廠等12項。
設計的飼料加工項目：周口配合飼料廠、河南駐馬店飼料廠、海南瓊海飼料廠、新疆奇臺飼料廠、山東濟寧飼料廠等12項。
3.民用建筑方面
我院在從事糧食工程設計的同時，也承擔了許多民用建筑方面的設計。主要設計的項目有：鄭州二七紀念塔、鄭州金水飯店、鄭州骨科醫院、安徽地礦工人新村、河南經貿學校等34項。
4.物流園區批發市場設計
主要設計的物流園區批發市場項目有：商丘農產品中心批發市場、西安市胡家廟糧油交易市場、廣東華南糧食交易市場等3項。